整理一下gromacs5.0安装过程
整理一下gromacs5.0安装过程
首先按照cmake，要求2.8版本以上。（如果机器cmake –version显示已经高于2.8版本则忽略这一步）
tar xvf cmake-2.8.12.2.tar.gz
cd cmake-2.8.12.2
./configure --prefix=/opt/cmake-2.8.12.2
gmake
gmake install
安装完成后设置环境变量(/etc/profile)，
export PATH=/opt/cmake-2.8.12.2/bin/:$PATH
一、有外网的在线安装。
tar xfz gromacs-5.0.7.tar.gz
cd gromacs-5.0.7
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
会自动下载fftw并安装。
二、无网络的离线安装。
a.安装fftw
tar -xvf ~test/fftw-3.3.4.tar.gz
cd fftw-3.3.4
./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.4 --enable-float --enable-shared --enable-sse2
make
make install
export CMAKE_PREFIX_PATH=/opt/fftw-3.3.4
export CPPFLAGS=-I/opt/fftw-3.3.4/include
export LDFLAGS=-L/opt/fftw-3.3.4/lib
注意--enable-float代表编译单精度版本FFTW。如果是给双精度Gromacs用的，应该把--enable-float去掉。
b.安装openmpi或者lam-mpi
编译lam-mpi
cd lam-7.1.3
./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh"
make
make install
注：--without-fc是不编译mpif77，可以去掉
添加mpi环境变量
export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin
或者编译openmpi
tar –zxvf openmpi.tar.gz
cd openmpi
./configure -prefix=/opt/openmpi
make all install
c.安装Gromacs
tar xvf gromacs-5.1.tar.gz
cd gromacs-5.1
mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.1 -DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw-3.3.4/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/opt/fftw-3.3.4/include/" -DGMX_MPI=on
（注：如果用的CPU比较新，编译器版本又比较老，比如RHEL6自带的，这一步可能会报错提示说编译器不支持AVX2指令集，此时应当再加上-DGMX_SIMD=AVX_256来强制用AVX1指令集）如果要编译双精度版本，cmake的时候写上-DGMX_DOUBLE=ON。此时不兼容GPU加速。编译出来的可执行文件默认都带着_d后缀，因此可以和单精度版安装到同一目录，不会冲突。
make –j N
make install
测试
wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/ADH_bench_systems.tar.gz
tar -xvf ADH_bench_systems.tar.gz
cd adh_cubic
gmx_mpi grompp –f rf_verlet.mdp
gmx_mpi mdrun
%%并行指令： mpirun –np X gmx_mpi mdrun
如果能够正常计算并结束，说明 gromacs 已经安装成功。