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整理一下gromacs5.0安装过程

作者:朝圣   (离线)   [安装 ]   [GROMACS ]   时间:2016-11-06 10:44:03  向他请教

整理一下gromacs5.0安装过程

首先按照cmake,要求2.8版本以上。(如果机器cmake –version显示已经高于2.8版本则忽略这一步)

tar xvf cmake-2.8.12.2.tar.gz

cd cmake-2.8.12.2

./configure --prefix=/opt/cmake-2.8.12.2

gmake

gmake install

安装完成后设置环境变量(/etc/profile)

export PATH=/opt/cmake-2.8.12.2/bin/:$PATH

一、有外网的在线安装。

tar xfz gromacs-5.0.7.tar.gz

cd gromacs-5.0.7

mkdir build

cd build

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

make

make check

sudo make install

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

会自动下载fftw并安装。

二、无网络的离线安装。

a.安装fftw

tar -xvf ~test/fftw-3.3.4.tar.gz

cd fftw-3.3.4

./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.4 --enable-float --enable-shared  --enable-sse2

make

make install

export CMAKE_PREFIX_PATH=/opt/fftw-3.3.4

export CPPFLAGS=-I/opt/fftw-3.3.4/include

export LDFLAGS=-L/opt/fftw-3.3.4/lib

注意--enable-float代表编译单精度版本FFTW。如果是给双精度Gromacs用的,应该把--enable-float去掉。

b.安装openmpi或者lam-mpi

编译lam-mpi

cd lam-7.1.3

 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh"  

make

make install

注:--without-fc是不编译mpif77,可以去掉

添加mpi环境变量

export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin

或者编译openmpi

tar –zxvf openmpi.tar.gz

cd openmpi

./configure  -prefix=/opt/openmpi

make all install

c.安装Gromacs

tar xvf gromacs-5.1.tar.gz

cd gromacs-5.1

mkdir build

cd build

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.1 -DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw-3.3.4/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/opt/fftw-3.3.4/include/" -DGMX_MPI=on

(注:如果用的CPU比较新,编译器版本又比较老,比如RHEL6自带的,这一步可能会报错提示说编译器不支持AVX2指令集,此时应当再加上-DGMX_SIMD=AVX_256来强制用AVX1指令集)如果要编译双精度版本,cmake的时候写上-DGMX_DOUBLE=ON。此时不兼容GPU加速。编译出来的可执行文件默认都带着_d后缀,因此可以和单精度版安装到同一目录,不会冲突。

make –j N

make install

 

测试

wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/ADH_bench_systems.tar.gz

tar -xvf ADH_bench_systems.tar.gz

cd adh_cubic

gmx_mpi grompp –f rf_verlet.mdp

gmx_mpi mdrun

%%并行指令: mpirun np X gmx_mpi mdrun

如果能够正常计算并结束,说明 gromacs 已经安装成功。


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