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linux下超详细教程安装phonopy

作者:obaica   (离线)   [phonopy ]   时间:2016-11-26 15:12:34  向他请教

参考资料:

(1)    http://blog.csdn.net/txcokokok/article/details/42178889

(2)    http://blog.sina.com.cn/s/blog_86e874d30102vvdd.html

(3)    http://muchong.com/html/201208/4874998.html

linux下超详细教程安装phonopy.pdf

 

phonopy安装:

第一步:准备文件

1python-3.6  (https://www.python.org/downloads/source/)

2numpy-1.11.2  (http://www.scipy.org/scipylib/download.html)

3lxml-3.6.4  (http://lxml.de/)

4matplotlib-1.5.0  (https://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/)

5PyYAML-3.12  (http://pyyaml.org/)

6phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/)

第二步:安装Python-3.6.0b3.tar.xz

Ø tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz

Ø cd Python-3.6

Ø ./configure --prefix= /home//phonopy/Python-3.6/build

(在python解压目录事先新建build目录,省略部分根据每个人电脑而定)

Ø make

Ø make install

设置环境变量

Ø vi  ~/.bashrc

.bashrc文件末尾加入:

Ø export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home//phonopy/Python-3.6/build/lib

export PATH=$PATH:/home//phonopy/Python-3.6/build/bin

export PATH=/home//phonopy/Python-3.6:$PATH

Ø source  ~/.bashrc

测试

Ø 命令行输入python3.6,若成功会出现(避免和系统自带/usr/bin混淆)

Python 3.6.0b3 (default, Nov  6 2016, 02:12:05)

[GCC 4.9.3] on linux

Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

>>> 

第三步:安装numpy-1.11.2.tar.gz

Ø tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz

Ø cd numpy-1.11.2

Ø cp site.cfg.example site.cfg

Ø vi site.cfg

Ø 修改文件中如下所示部分:

# [mkl]

# library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/

# lapack_libs = mkl_lapack

# mkl_libs = mkl, guide

注意:mkl前面的注释一定要去掉,此外,左端不能留空格。

Ø 修改后的如下(根据实际情况修改)

[mkl]

library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64

include_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/include

lapack_libs = mkl_lapack95_lp64

mkl_libs = mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5

(最后一行逗号为英文输入法下面的)

Ø python3.6 setup.py build --help-fcompiler  查看下可用的编译器,结果发现--fcompiler=intelem可用

Ø python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem

Ø python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymodule 

pymodule是自己在python解压目录下新建的numpy安装目录)

Ø vi  ~/.bashrc 添加下面内容:

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home//phonopy/Python3.6/pymodule/lib

/python"

export PYTHONPATH

export PATH=/home//phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH

export PYTHONPATH=/home//phonopy/Python-3.6/pymodule/lib/python

Ø source  ~/.bashrc

python知道到哪里去找模块

Ø 测试python是否能够调用numpy

Ø cd .. (退出 numpy的目录)

这一步一定要做,不然会出错, ImportError: Error importing numpy.

Ø 输入:python3.6 进入python界面

Ø import numpy 

执行 numpy 看是否出错

 

第四步:安装lxml-3.6.4.tgz

Ø tar xzvf lxml-3.6.4.tgz

Ø cd lxml-3.6.4

Ø vi  ~/.bashrc 添加下面内容:

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home//phonopy/Python3.6/lxml/lib

/python"

lxml是自己在python解压目录下新建的lxml安装目录)

Ø source  ~/.bashrc

Ø python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/lxml

 

第五步:安装matplotlib-1.5.0.tar.gz

Ø tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz

Ø cd matplotlib-1.5.0

Ø vi  ~/.bashrc 添加下面内容:

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home//phonopy/Python3.6/matplotlib /lib/python"

matplotlib是自己在python解压目录下新建的matplotlib安装目录)

Ø source  ~/.bashrc

Ø python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/ matplotlib

 

第六步:安装PyYAML-3.12.tar.gz

Ø tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz

Ø cd PyYAML-3.12

Ø vi  ~/.bashrc 添加下面内容:

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home//phonopy/Python3.6/pyyaml/lib

/python"

pyyaml是自己在python解压目录下新建的pyyaml安装目录)

Ø source  ~/.bashrc

Ø python3.6 setup.py test

Ø python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pyyaml

 

第七步:安装phonopy-1.11.0.tar.gz

Ø tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz

Ø cd phonopy-1.11.0

Ø python3.6 setup.py install

Ø /home//phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6phonopy拷贝到usr/bin

测试

Ø phonopy目录下命令行输入phonopy

结果显示:

 

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 |_|                            |_|    |___/

                                      1.11.0

 

Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found.

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