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谈谈量子化学中基组的选择（转sobereva）
0 前言量子化学中基组的选择是一门艺术，富有研究经验和量化理论直觉的研究者能够对所研究的问题、体系、要求的精度选择出性价比最高的基组，而初学者则几乎总是基组选得不合适，轻则糟蹋计算资源，重则结果不准确乃至根本没法用。本文.....
分子对接结果分析和作图
分子对接是最常用的分子模拟工具，用来探究任何有相互作用的生物活性分子之间的相互作用细节。然而对接产生的多个可能的构象到底那个是天然存在的构象？确定了构象，什么作用力，作用位点起到关键作用？ 确定最佳构象，有两.....
vasp的警告、报错信息及解决办法【转】
在使用vasp的过程中难免会出现一些警告、报错信息，现在将这样的信息和一些解决办法列出来。欢迎大家一起讨论，把解决问题的办法记录下来，让我们在一起解决问题中前行。欢迎补充~讨论~1.warning:the distanc.....
关于VASP收敛判据EDIFF和EDIFFG参数的一点体会【交流】
EDIFF-能量收敛单位：eVEDIFFG-力的收敛单位： eV/Å 如果EDIFFG值为正数，是指各原子上的力之和；如果为负数表示每个原子上的力。 所谓收敛，就是和迭代法一样，两次移动原子后 每个原.....
分子动力学模拟GROMACS使用
关于两个非平衡分子动力学模拟的命名分析蛋白质，核酸等生物分子结构机械特性时，常常可以在模拟中对这些分子添加外来拉力，以模拟原子力学显微镜（AFM）的做法。现在这中模拟方法的使用越来越多，叫法也比较混乱。原则性上，可以分为.....
vasp声子谱的计算方法
vasp声子谱计算方法有两种，这里先讲解第一种：第一种方法：DFPT法声子谱计算有多种方法，这里介绍DFPT方法计算单晶硅（金刚石结构）的声子谱。声子谱计算的大概步骤是：首先由phonopy程序产生超胞，然后由VASP计.....
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Planar borophene, the truly 2D monolayer boron, has been independently successfully grown on Ag(1 1 1) by two ......
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Phys.Rev.B：第一性原理分析Co4Nb2O9和 Co4Ta2O9的磁电效应
【引言】最近，有关磁电效应材料的研究再次引起了极大的关注，磁电效应在多功能电子设备的研发和磁电畴微观机制的研究上具有极大的潜力。具有磁电效应的典型材料是Cr2O3，其反铁磁性结构就是在磁空间群中引入空间反演和时间反演，在......
Lammps建模和Materials studio建模 (
Lammps建模就用这几个命令：region，create_box，create_atoms 具体命令用法见官方手册；下面就建模一个纳米颗粒铁bcc=2.87直径为 20A的脚本：region &......
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