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生物分子计算研究所服务类型

  • (一).序列比对和绘图

    1. 序列比对分析活性位点
    2. 序列比对用于同源建模
    3. 序列比对分析氨基酸保守型
    4. 序列比对共进化分析
    5. 进化树建立和分析
    6. Aline、Espript3、Jalview和Weblogo绘制多序列比对图
  • (二).结构模建

    1. 蛋白同源建模
    2. Rosetta从头建模
    3. REMD蛋白折叠建模
    4. 多肽建模
    5. RNA建模
    6. DNA建模
    7. 小分子结构优化
  • (三).分子对接

    1. AutoDock分子对接
    8.Gold分子对接
    2. Vina分子对接
    9. DS分子对接
    3. LeDock分子对接
    10. 蛋白-蛋白对接
    4. Dock分子对接
    11. 蛋白-DNA对接
    5. MOE分子对接
    12. 蛋白-RNA对接
    6. 薛定谔分子对接
    13. DNA-小分子对接
    7. Flex X分子对接
    14. 药物虚拟筛选最佳实践
    15. 对接结果分析,相互作用2D和3D图的制作(pymol)
    16:蛋白-小分子对接
  • (四).分子动力学模拟

    1. Amber动力学模拟
    2. Gromacs分子动力学模拟
    3. NAMD分子动力学模拟
    4. YASARA分子动力学模拟
    5. 金属酶分子动力学模拟
    6. 修饰氨基酸分子动力学模拟
    7. 伞状取样
    8. SMD
    9. 恒定pH MD
    10. 膜蛋白分子动力学模拟
    11. 结合自由能计算(分子力学)
    12. 结合自由能计算(量子力学)
    13. RMSD、RMSF、PCA、Rg、二级结构、SASA等数据分析
  • (五).QMMM

    1. Amber-Gaussian QM/MM
    2. Gaussian ONIOM
    3. TeraChem QM/MM GPU计算研究
    4. Amber-TeraChem GPU计算研究
    5. 酶催化反应机理最佳实践
    6. 酶催化反应机理高等级量子化学计算研究
  • (六).QSAR(定量构效关系)

    1. 2D-QSAR
    2. 3D-QSAR(CoMFA+CoMSIA)
    3. HQSAR
    4. TopomerQSAR
  • (七).药效团

    1. 构建药效团偶模型
    2. 基于药效团的虚拟筛选
  • 1. 基于需求的设计
    2. 项目立项、调研
    3. me-too类专利突破
    4. 化合物合成与筛选
    5. 原创性药物设计
  • 我们公司通过调集整合国内外优质科研资源,推出计算机辅助药物设计顾问服务(CADD),为中小型新药研发企业提供更加综合的产品与技术服务,搭配我们公司丰富的实践经验和先进的软硬件设备,在靶点选择,先导化合物的优化及筛选,化合物的专利布局等关键研发环节为用户提供专业服务。此外,我们公司为相关研发人员提供实习、进修和培训机会,为公司提升自主创新药研发能力,更好地推动药物研发。
  • (一)软件资源

    Sybyl、Schrodinger( Bioluminate)、MUSE、ACD、Amber、Gaussian和TeraChem以及其他学术免费软件。
  • 搭建了计算专用的并行计算环境。计算资源情况如下: 刀片服务器:32个节点,每个节点8核。 机架服务器:25各节点,每个节点12核。 Gpu 服务器1,cpu处理器4核,带两块tesla gpu。 Gpu 服务器2,cpu处理器4核,带四块tesla gpu。磁盘阵列:可用空间31T。